Een belangrijk onderdeel van het Waddenmozaïek project is het in kaart brengen van de delen van de Waddenzee die nooit droogvallen, het sublitoraal. Belangrijke vragen zijn welk type sediment waar te vinden is, welke soorten er voorkomen, hoe de structuur van het voedselweb eruitziet, en hoe deze zaken met elkaar samenhangen.